Орган в Ярославской государственной филармонии появился в 1974 году и долгое время был единственным концертным инструментом на северо-западе России.
В 1957 по инициативе профессора Леонида Исааковича Ройзмана при Министерстве культуры СССР был создан Совет по органостроению, в который входили сотрудники Министерства культуры, органисты и органные мастера. В задачи Совета входили ремонт и реставрация имеющихся в наличии инструментов и заказ новых инструментов. Были налажены контакты с органостроительными фирмами ГДР «А. ШУКЕ» (Потсдам), «В. ЗАУЭР» (Франкфурт-на-Одере), «Г. ОЙЛЕ» (Бауцен) и Чехословакии «РИГЕР-КЛОСС» (Крнов). Таким образом, строительство органов в СССР осуществлялось по государственному плану, и за время до перестройки было построено более тридцати инструментов. Ярославский орган был шестым в этом списке.
10 декабря 1974 года состоялась торжественная церемония приемки органа Государственной комиссией Министерства культуры СССР, а 11 декабря перед первым концертом эксперта-консультанта фирмы «В. ЗАУЭР» профессора Йоганна-Эрнста Келера директор фирмы г-н Герхард Шпаллек в присутствии начальника Управления культуры Ю.А. Андреева вручил ключи от органа директору Ярославской филармонии Я.Ф. Блеху. Музыкальная жизнь Ярославля с тех пор стала намного богаче и интереснее.
За годы своего существования орган дважды подвергался капитальному ремонту - в 1997 и в 2015 годах. Оба раза ремонт проводила фирма «В. ЗАУЭР», а интонировкой занимался главный интонировщик фирмы, а позднее один из ее директоров, Петер Фрессдорф. В результате реставрации органа 2015 г., осуществленной при финансовой поддержке БИНБАНКа, изменился внешний облик инструмента, пульт управления был усовершенствован на уровне новейших технологий.
За кафедрой ярославского органа более 40 лет бессменно находилась народная артистка России Любовь Шишханова (1947-2023).
Любовь Башировна внесла огромный вклад в развитие музыкальной культуры Ярославля: в 1974 г. принимала участие в установке органа в Концертном зале им. Л.В. Собинова, регулярно в течение многих лет проводила циклы концертов-бесед об органной музыке для школьников в Ярославской филармонии, была членом комиссии по присуждению Собиновской премии (1996–1997), являлась инициатором, организатором и художественным руководителем международного органного фестиваля имени Л.И. Ройзмана, который проходит в Ярославле начиная с 1997 г. каждые два года. В фестивале принимают участие известные российские и зарубежные органисты, такие как Константин Волостнов (Москва), Алексей Семенов (Москва), Даниэль Зарецкий (Санкт-Петербург), Рубин Абдуллин (Казань), Тимур Халиуллин (Белгород), Мартин Штефан (Германия), Петер Фрессдорф (Германия), Арвид Гаст (Германия), Людгер Ломанн (Германия), Штефан Энгельс (США).